В составе фонда 19 уникальных книжных коллекций. Особую ценность имеет коллекция рукописных книг, насчитывающая 170 единиц хранения 16-20 вв. Наиболее значимыми являются рукописные книги, содержащие редко встречающиеся статьи, интересные по содержанию записи.

Украшением коллекции являются лицевые книги и книги, содержащие крюковые нотные записи.

В коллекции старопечатных книг хранится одно из первых московских изданий - дофедоровское анонимное "Евангелие" 1555 г.

Большую ценность представляют Виленские издания 16 в. Издание Киево-Печерского Патерика не является особо редким, но экземпляр, хранящийся в ФБ ННГУ, интересен многочисленными записями на полях.

Коллекция русских книг гражданской печати 18 в. содержит уникальные издания Н.Новикова, первый русский научный журнал.

В составе фонда имеются уникальные издания мирового значения: прижизненные издания Эразма Роттердамского, Вольтера, продукция известнейших европейских типографов Фробена, Плантена, Эльзевиров. Значимость книг повышает наличие экслибрисов, владельческих записей, автографов.

Среди современных коллекций выделяются факсимильные издания, миниатюрные книги.